Эта проблема возникла приблизительно в 1980-х, когда были проведены исследования пищевой и диетической ценности маргарина. Как известно, растительные жиры при производстве маргарина отверждают, «насыщая водородом» — частично гидрируют на никелевом или палладиевом катализаторе, при нагревании. С помощью хроматографического анализа установили факт изомеризации природных ненасыщенных цис-жирных кислот, имевшихся в составе растительных масел — в более устойчивые транс-изомеры.

Установлено, что употребление в пищу транс-жиров связано с повышенным риском для здоровья, в первую очередь — для сердечно - сосудистой системы.

В настоящее время, подавляющая часть потребляемых человеком с пищей транс-жиров производится искусственно, посредством частичной гидрогенизации растительных масел. Трансжиры естественного происхождения встречаются в небольших количествах в мясе и молочных продуктах жвачных животных.

В 1890-х годах, химию гидрогенизации исследовал будущий Нобелевский лауреат Поль Сабатье. Его работа сделала возможным получение твёрдых жиров типа современного маргарина из жидких растительных жиров, а также новый способ промышленного синтеза метанола. Немецкий химик Вильгельм Норманн развил идеи Сабатье, рассматривавшего лишь гидрогенизацию паров, и в 1901 году продемонстрировал возможность гидрогенизации жидких масел. В 1902 году Норманн запатентовал свою технологию, а в 1909 году права на пользование патентом в США были выкуплены компанией Procter and Gamble. В 1911 году компания начала продажи жира-разрыхлителя для выпечки «Crisco», изготовленного из частично гидрогенизированного хдопкового масла. В те же годы, гидрогенизация позволила увеличить сроки хранения китового жира, что привело к росту объемов китобойного промысла.

Производство гидрогенизированных жиров стабильно росло до 1960-х годов, одновременно с постепенной заменой животных жиров в США и других западных странах обработанными растительными жирами. Если изначально главным аргументом в пользу гидрогенизированных жиров было снижение расходов компаний, со временем к их сторонникам присоединились пропагандисты здоровой пищи. В 1984 году «Центр за науку в интересах общества» (CSPI) развернул публичную борьбу за отказ от насыщенных жиров в сетях быстрого питания. Кампания завершилась после того, как владельцы заведений заменили насыщенные жиры частично гидрогенизированными ненасыщенными жирами. Еще в 1987 году Центр в своем бюллетене защищал транс-жиры, однако к 1992 году позиция организации изменилась, и сейчас CSPI активно призывает к отказу от транс-жиров.

Первые предположения о том, что всплеск заболеваемости ишемической болезни сердца может быть вызван потреблением транс-жиров, появились в научных изданиях в 1988 году. В 1994 году было установлено, что ежегодно транс-жиры являются причиной около 30 тысяч смертей от болезней сердца в США.